hlava ocasatého jádra (nucleus caudatus)
vnitřní část čočkovitého jádra
část jader mezimozku
kalózní těleso
třetí mozková komora
zevní část čočkovitého jádra
podkorová část bazálních ganglií
Mezimozek (diencephalon) je tvořen párovými vejčitými hmotami nervové tkáně, kterým říkáme thalamy a hypothalamy.
Thalamus má řadu funkcí (vč. motorických), ale klíčové postavení mají především thalamická jádra, která "filtrují" senzitivní informace přicházející různými senzitivními a senzorickými drahami.
Thalamus, resp. jeho některá jádra jsou tak posledním předstupněm mozkové kůry - jsou "bránou vědomí". Informace, které thalamus nepropouští pro nás neexistují. (To ovšem neznamená, že objektivně nejsou.) Touto výběrovou filtrací chrání thalamická jádra mozkovou kůru před nadměrným množstvím informací a zároveň tak thalamus výrazně ovlivňuje reaktivitu mozkové kůry.
Hypothalamická jádra mají dvě, vzájemně velmi úzce související funkce: řízení autonomních reakcí a řízení endokrinních funkcí.
Jedna skupina jader hypothalamu tvoří ve svých buňkách látky, které se krevním oběhem dostávají do předního laloku hypofýzy, kde regulují tvorbu hormonů předního laloku. Do zadního laloku hypofýzy proudí hotové hormony přímo nervovými vlákny. Prostřednictvím hormonů zasahují tak jádra hypothalamu do řízení žláz s vnitřní sekrecí a přes endokrinní systém do řízení látkové výměny celého organismu.
Druhá skupina hypothalamických jader je drahami spojena s jádry hlavových nervů a s míšními neurony, jejichž výběžky (autonomí nervy) pak inervují hladkou svalovinu stěny cév a orgánů. Tato jádra řídí funkci autonomních nervů a jejich prostřednictvím zasahují téměř do všech autonomních reakcí v organismu. Této skupině hypothalamických jader se proto říká "útrobní" nebo "vegetativní mozek". Podstata činnosti vegetativního mozku spočívá v ovlivnění dýchání (zúžení nebo rozšíření průsvitu průdušek), krevního oběhu (snížení nebo zvýšení krevního tlaku a zrychlení popřípadě zpomalení srdeční akce), pohybů trávicí trubice (zrychlení nebo zpomalení střevní peristaltiky), vyprazdňování vývodů žláz trávicího systému a v ovlivnění tělesné teploty.
Tyto příklady zdaleka nepostihují rozsah a mechanismus všech řídících pochodů, jejichž centrem je hypothalamus. Jsou však dokladem toho, jak podkorové oblasti mozku řídí i značně složité funkce. Jsou i dokladem univerzálnosti řídících funkcí centrálního nervového systému a jeho vlivu na systém endokrinní.