Golgiho komplex tvoří shluk většinou plochých váčků propojených kanálky a vlákny. Stavba Golgiho komplexu je stejná jako stavba endoplazmatického retikula, ale nikdy neobsahuje ribosomy. Mezi endoplazmatickým retikulem a Golgiho komplexem ovšem existuje funkční návaznost.
V Golgiho komplexu se dotvářejí bílkoviny tvořené v drsném retikulu. Řetězce bílkovin se zde buď ještě dále spojují nebo jsou naopak části řetězců odštěpovány. Na bílkovinné řetězce se zde navazují i nebílkovinné složky. Takto upravené (aktivované) produkty jsou v oddělených váčcích dopravovány mimo buňku jako buněčný sekret nebo jsou spotřebovány v některé části buňky k její vlastní obnově.