Ve stěně trávicí trubice jsou uloženy drobné žlázy, které svými krátkými vývody ústí na povrch sliznic. Kromě těchto žláz nazývaných většinou podle úseku trubice, ve kterém leží (tvářové, žaludeční žlázky apod.), jsou k trávicí trubici připojeny i velké žlázy se samostatnými vývody. Do ústní dutiny ústí velké slinné žlázy (žláza příušní, podjazyková a podčelistní) a do tenkého střeva jdou vývody játer a slinivky břišní.
Popsané žlázy trávicí trubice jsou žlázami exokrinními - produkují sekrety do dutiny trávicí trubice.Ve stěně trávicí trubice je déle velké množství různých endokrinních žláz, tj. buněčných skupin produkujících několik desítek hormonů. Jde převážně o tzv. tkáňové hormony. Pankreas obsahuje Langerhansovy ostrůvky tvořící "klasické" hormony, především inzulín.